به نقل از میراث فرهنگی( CHN ) مسجد آقا بزرگ یکی از مهمترین مساجد شهر کاشان محسوب می‌شود که اکنون به صورت حوزه علمیه درآمده‌است.
«حسین یزدان‌مهر»، مدیر اداره میراث فرهنگی کاشان دراین‌باره به CHN گفت: «کلون تاریخی در مسجد آقابزرگ مدتی پیش به سرقت رفته و پیگیری حقوقی دراین‌باره انجام شده‌است.»
گفته می‌شود تا کنون دزدان چندبار قصد سرقت این کلون تاریخی را داشتند که موفق نشده بودند. اما در نهایت این کلون دزدیده شد.
جای خالی کلون در مسجد آقا بزرگ
یزدان‌مهر درباره امنیت آثار تاریخی کاشان گفت: «برای امنیت در آثار تاریخی کاشان گشت شبانه یگان حفاظت گذاشته‌ایم. همچنین به زودی اکثر بناهای تاریخی به دوربین مداربسته مجهز می‌شوند.»
گفته می‌شود مسجد آقابزرگ به دلیل ترد طلاب، هنوز دوربین مداربسته ندارد و همین امر منجر به سرقت کلون شده‌است.
به گفته یزادن‌مهر برای بهتر شدن امنیت در بناهای تاریخی کاشان، درخواست اعتبارات شده‌است.
بنای مسجد و مدرسه آقابزرگ یکی از باشکوهترین و زیباترین مساجد دوره قاجار در ایران به شمار می آید. این بنا در خیابان فاضل نراقی کاشان واقع شده است. ساختمان این مدرسه با سرمایه شخصی به نام حاج محمد تقی خانبان طی سال های ۱۲۵۰تا۱۲۶۰ هجری قمری جهت استفاده نماز جماعت و درس و بحث داماد خود، ملا مهدی نراقی دوم، برادر ملا احمد نراقی، ملقب به آقابزرگ بنا شده و به این نام معروف شده است.
تمامی این بنا از جمله گنبد که جزو بزرگترین گنبدهای آجری است با آجر ساخته شده و تزئینات بکار رفته در این بنا عبارت است از: کاشی کاری، آجرکاری، کتیبه های نفیس گچی و کاشی، مقرنس کاری، خطاطی ثلث و نستعلیق و نقاشی، که نقاشی این مدرسه توسط استاد محمد باقر قمصری صورت گرفته است. کتیبه های خطوط مسجد توسط اساتید برجسته خوشنویس کاشان از جمله: محمد ابراهیم (جد خاندان معارفی)، محمد حسین (جد خاندان ادیب) و بسلمه های طغری توسط سید صادق کاشانی نوشته شده است.
این مسجد دارای سردر زیبایی است که سقف آن با مقرنس های معلق گچی و نقاشی تزئین یافته و دیوارهای جلوخان از کتیبه بالای سردر تا کف تختگاه های طرفین درگاه با کاش های خشتی الوان پوشیده شده است. هیئت اصلی بنا و گنبد و بارگاه با شکوه آن به واسطه عظمت ساختمان و طرح عالی و نقشه بی نظیر به خصوص دقایق و فنون معماری اصیل ایرانی که در آن بکار برده شده، یکی از بناهای مهم ایرانی اسلامی بشمار می رود.