سوم ماه فوریه سال 1910 میلادی، امام عطاالله بایازیتوف رئیس انجمن مسلمانان سنت پطربورگ در مراسم باشکوه کارگذاری اولین سنگ بنای مسجد این سخنان را بیان کرد.

معاون وزیر امور خارجه امپراطوری روسیه، اعلیحضرت امیر بخارا ، خان خیوه، سفیر ترکیه همراه دیگر دیپلمات ها، فرستاده ایران ، شهردار سنت پطربورگ و اعضای فراکسیون مسلمانان دومای کشوری و نمایندگان زیادی از بین مسلمانان در این مراسم حضور داشتند.

عملا تمام روزنامه های پایتخت اخباری در باره رویدادی در صفحات خود منتشر کردند که به 25 – مین سال حکومت امیر بخارا اختصاص داشت. در محل برگزاری مراسم چادری برپا شده بود و پرچم ها به اهتزار درآمدند. پس از خواندن دعا و سخنرانی به زبان روسی، امیر آجری در پایه مسجد کار گذاشت. شخصیت های عالیرتبه نیز هر یک آجری کار گذاشتند.

از قبل برای کار گذاشتن آجر ها چکش و بیل نقره آماده شده بود. آنها در جعبه خاصی قرار داشتند که اکنون در بنیاد موزه تاریخ مذاهب در سنت پطربورگ نگهداری می شود.

ایرینا باچمانووا کارمند موزه در اینباره تعریف کرده گفت:  در سال 1881 میلادی امیر بخارا در تاجگذاری الکساندر سوم حضور داشت و با امپراطور آینده، نیکلای آشنا شد. بر طبق اسناد چندی، مناسبات آنها خوب بود. سید عبدالله احد که امیر بخارا بود به پطربورگ سفر کرد و به حضور امپراطور پذیرفته شد. می گویند امیر بخارا کمک کرد تا اجازه ساخت مسجد در پطربورگ صادر شود. اما در واقع در سال 1905 میلادی مانیفست در باره شکیبایی مذهبی منتشر شد. در همان سال کمیته ساخت مسجد به ریاست عطا الله بایازیتوف تشکیل گشت.

او یک شخصیت بزرگ اسلامی در روسیه بود که یکی از آثارش مانند « برخورد اسلام به علم» به زبان ترکی ترجمه و در استامبل منتشر شده بود. او که ریاست انجمن مسلمانان پطربورگ را عهده دار بود زبان ترکی و حقوق اسلامی را در کرسی زبان های شرق وابسته به دپارتمان آسیای وزارت امور خارجه روسیه تدریس کرده و در باره اصول اسلام برای نظامیان سخنرانی می کرد.

بایازیتوف مانند تاتارهای زیاد دیگر ساکن در پطربورگ ساکن بومی پایتخت امپراطوری روسیه نبود. جعفر حضرت پونچایف مفتی سنت پطربورگ در اینباره گفت:  اگر بر طبق سرشماری سال 1869 میلادی ساکنان تاتار شهر 2 هزار نفر بودند در سال 1910 میلادی تعداد آنها به 8 هزار نفر رسیده بود. در این میان سربازان و افسران که در بخش های مختلف ارتش خدمت می کردند و ملوانان ساکن در کشتی های نیروی دریایی بالتیک به حساب نمی آمدند. با وجود اینکه انجمن مسلمانان همیشه یکی از بزرگترین انجمن های مذهبی پطربورگ بود در پایتخت امپراطوری روسیه مدت طولانی مسجدی وجود نداشت.

فقط پس از آنکه امیر بخارا قطعه زمینی خریداری کرد و کمیته مسلمانان به ریاست عطا الله بایازیتوف جهت جمع آوری پول برای ساخت مسجد تشکیل شد ساخت مسجد آغاز گشت.

مرکز شهر در ساحل نوا. در آنسوی رود، کاخ زمستانی و محل سکونت امپراطور روس قرار دارد.

ایرینا باچمانووا در اینباره گفت:  کمیسیون آکادمی هنر شدیدا با محل ساخت مسجد مخالفت کرد و این موضوع را به اطلاع وزیر امور خارجه روسیه رساند. اما وی گفت که نمی تواند تصمیم اعلیحضرت را لغو کند. در آنزمان، در این قطعه زمین ساختمان های مرتفع ساخته نشده بود. در آنجا فقط دژ پطروپاولوفسک ، آرامگاه تزارهای روس قرار داشت. سپس مسجدی ساخته شد با گنبدی به ارتفاع 39 متر و مناره هایی با ارتفاع 48 متر. مسجد مبدل به یک بنای معماری بزرگ شد. با وجود این، مسجد بخوبی در سیمای کلی معماری شهر جا افتاد. ساختمان مسجد هرچند به سبک مدرن ساخته شده است، درعین حال از انگیزه های معماری عصر تیمور لنگ در ساخت آن استفاده شده است، از جمله آرامگاه تیمور لنگ در سمرقند.

نیکلای واسیلییف 35 ساله فارغ التحصیل آکادمی هنر، معمار ارشد مسجد سنت پطربورگ بود. طرح او بهترین طرح در بین 45 طرحی اعلام شد که در کنکور ساخت مسجد شرکت کرده بودند.

وقتی پروژه ساخت مسجد مطرح شد، یکی از نکات آن استفاده از مواد طبیعی بود. واسیلییف پیشنهاد کرد روکاری مسجد با گرانیت شمالی انجام شود. خودویژگی مسجد پطربورگ در این است که از گرانیت سرد شمال و عناصر گرم سمرقند در تزیین آن استفاده شده است. در اینجا هیچگونه تضادی مشاهده نمی شود. گرانیت در فنلاند استخراج شد و نقش های روی آن بر طبق نقش و نگار سمرقند انجام شدند. اوایل قرن بیستم در پطربورگ کارگاه ساخت سرامیک گشایش یافت. یکی از استادکاران برای یادگیری رسم نقش ها، به سمرقند فرستاده شد. در تزیین گنبد و مناره ها از موزائیک استفاده شده است. خاک رس ویژه ای برای ساخت کاشی ها در حومه پطربورگ استخراج شد.

با وجود اینکه دکور داخل مسجد هنوز تمام نشده بود ، 21 ماه فوریه سال 1913 میلادی مراسم باشکوه گشایش آن برگزار گشت. آن سال برای امپراطوری روسیه مهم بود – 300 سال از زمان حکومت خاندان رومانوف ها می گذشت. مسلمانان نمی توانستند از این جشن کنار بمانند.

قرار بود دکور داخلی مسجد تا پاییز سال 1914 به پایان برسد. اما به علت آغاز جنگ جهانی اول و بعد انقلاب، این کارها فقط تا سال 1920 میلادی به پایان رسیدند. موسی بیگییف، دانشمند و روحانی مشهور آن زمان، نویسنده 120 اثر، به عنوان امام مسجد انتخاب شد.

محراب داخل مسجد توجه را بخود جلب می کند. روکاری آن درست شبیه « باب» مسجد است. لوستر بزرگ نیز جلب توجه می کند. مونتاژ آن در سال 1914 میلادی به پایان رسید. این لوستر به گنجایش 80 شمع توسط استادکاران کارخانه لوازم و اتصالات شرکت برق بر طبق طرح نیکلای واسیلییف به صورت یک جام تزیینی به قطر حدود 3 متر و ارتفاع 5 متر ساخته شد. استخوانبندی برنز آن مزین به اسکریپت عربی است. بعدا شانزده شمعدان اضافی به شکل جام های دارای نقش های ظریف به آن اضافه شد. لوستر تا کنون به لحاظ شکوه خود و اینکه یک اثر بیادماندنی است، باعث شگفتی می شود. نرده نقش دار بالکن – شبستان زنان نیز بسیار زیباست.

در سال 1940 میلادی مسجد سنت پطربورگ بسته شد و اواسط سال های 1950 میلادی به مسلمانان بازپس داده شد.

جامعه بین المللی نقش خاصی در این جریان بازی کرد. از جمله سفر نخست وزیر اندونزی به پطربورگ در سال 1955 میلادی. او در حال گردش در شهر بود که با دیدن مسجد خواست در آنجا نماز بخواند. پس از آن شهرداری پطربورگ خیلی سریع کارهای بازسازی و مرمت مسجد را آغاز کرد. جواهر لعل نهرو نخست وزیر هند نیز تقاضا کرد مسجد به مومنان بازگردانده شود. در سال های 1980 میلادی پس از آنکه روکاری گنبد فرو ریخت، مرمت مسجد آغاز شد. در سال 1995 میلادی هلال ماه جدید از طلا بر گنبد نصب شد. این هلال مایه غرور جعفر پونچایف حامی مسجد بود.

جعفر پونچایف بیش از 30 سال است که ریاست انجمن مسلمانان پطربورگ و حومه را عهده دار است.

در زمان حاضر، مسجد پطربورگ یکی از بزرگترین مساجد اروپا به گنجایش تا 6 هزار نفر است. روز های جمعه، خیابان آرام و ساکت روبروی مسجد پر از مومنان می شود که برای نماز به مسجد می روند. دهها سازمان مذهبی در اداره روحانی مسلمانان پطربورگ و منطقه شمال – غرب روسیه شامل هستند که دهها هزار مسلمان را باهم متحد می کنند.