مهندس ودات دالوکای برنده مسابقه طراحی این مسجد شد و زیربنای مسجد براساس طرح این معماری آغاز شد اما بعدها به دلیل آنکه پیش از حد مدرن خوانده شد طرح این معمار نیمه کاره ماند و بعدها دالوکای پروژه خود را با برخی تغییرات در معماری مسجد شاه فیصل پاکستان به کار برد.

در سال 1967 بنای این مسجد براساس طرحی از مهندس خسرو تایلا و فاتح اولوانگین دوباره طراحی و اجرا شد و این پروژه به علت آنکه تقلیدی از معمار سنان معمار نامی دوران عثمانی خوانده شد مورد انتقاداتی قرار گرفت اما پروژه ادامه یافت.

مسجد قوجاتپه شامل یک گنبد مرکزی بوده که روی چهار فیلپای قرار گرفته و چهار و نیم گنبد دور گنبد مرکزی قرار گرفته است.

این مسجد چهار مغازه 88 متری دارد و خطاطی داخل مسجد هم از سوی خوشنویسان ترک حمید آیتاچ، محمود اوخجو و امین بارین انجام گرفته است.