وحینما قام الصرب بقصف هذا المسجد عام 1993، ونقلوا أحجاره بالشاحنات وألقوها فی مقالب النفایات، واستخدموها أحیانا فی إقامة الطرق، وانتهى الحال ببعضها إلى الاستقرار ببساطة فی قاع نهر فرباس، تحول الموقع الذی کان یوجد فیه المسجد إلى ساحة لانتظار السیارات. والآن بعد مرور 21 عاما على هذه الواقعة یعود الکنز القدیم إلى سابق عهده على الأقل جزئیا, ، حیث تمت استعادة نحو 60% من أحجار المبنى الأصلیة، وتم العثور علیها تحت رکام النفایات, بینما قام الغطاسون بجلب مجموعة أخرى من الأحجار من قاع النهر.
ومن حسن الحظ أنه تم العثور على مخطط البناء الأصلی للمسجد فی العاصمة سراییفو, وما زالت هویة المعماری الذی أشرف على تصمیم وتنفیذ المبنى غیر معلومة، ومع ذلک فإن الخبراء متأکدون من أنه لا بد أن یکون هذا المعماری تلمیذا لمیمار سنان أکثر المعماریین العثمانیین شهرة فی ظل حکم أربعة سلاطین فی القرن السادس عشر.
وعلى مسافة 800 متر فقط من مبنى المسجد تم أیضا تدمیر مسجد أرناودیا, إلى جانب تدمیر 14 من أماکن العبادة الإسلامیة بمدینة بانیا لوکا إضافة إلى برج للساعة والعدید من المنازل الترکیة ذات المعمار الإسلامی التقلیدی.
وفی مایو 2001 عندما کانت أعمال الإعمار تجرى فی مسجد فرحات باشا کانت هناک مفاجأة کبیرة فی الانتظار، فقد أظهرت أعمال المجسات لأساسات المبنى أنه تم تشیید المسجد فوق دعامات خشبیة.،
فقد کان الذین قاموا ببناء المسجد الأصلی لا یثقون فی متانة الطبقة الأرضیة الواقعة تحت التربة مباشرة، وبالتالی فقد أضافوا الدعامات الخشبیة لتحقیق مزید من الاستقرار للمبنى، ومن المرجح أن تکون هذه الدعامات هی التی أنقذت مبنى المسجد من الانهیار.
