در اعتراض و اعلام انزجار از اجرای حکم ننگین اعدام شیخ نمر، دروس حوزه در روز یکشنبه (۱۳ دی) تعطیل و به همین مناسبت تجمع بزرگ حوزویان در مسجد اعظم قم با سخنرانی آیت‌الله سیداحمد خاتمی برگزار می‌شود.
به گزارش پایگاه تخصصی مسجد به نقل از خبرگزاری شبستان، جامعه مدرسین، شورای عالی و مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه با صدور اطلاعیه‌ای مشترک شهادت آیت‌الله نمر باقر النمر(ره) را محکوم کردند.
متن بیانیه مشترک جامعه مدرسین، شورای عالی و مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه به شرح زیر است:
«انالله و انا الیه راجعون»
وَسَیَعْلَمُ الَّذِینَ ظَلَمُوا أَیَّ مُنقَلَبٍ یَنقَلِبُونَ (شعراء/۲۲۷)
در نهایت تأسف و تاثر باخبر شدیم که رژیم سرسپرده عربستان با وجود اعتراض‌های فزاینده و گسترده جهان اسلام، حکم اعدام شیخ نمر باقر النمر و تعدادی از همراهان وی را اجرا نموده است؛ این حرکت ناجوانمردانه بیش از هرچیز بیانگر ناکامی دشمنان اسلام و حکام خودفروخته آل سعود در مقابله با مبارزات مردم مسلمان کشورهای اسلامی همچون یمن، سوریه، لبنان و عراق بوده و نشان از تزلزل هر چه بیشتر ارکان حکومت نامشروع آنهاست.
حوزه علمیه قم، با اعلام محکومیت شدید این حرکت نابخردانه، حسب نظر مراجع عظام تقلید (دامت برکاتهم)، در اعتراض و اعلام انزجار از اجرای این حکم ننگین، دروس حوزه را روز یکشنبه 13/10/94 تعطیل اعلام می‌نماید و به همین مناسبت تجمع بزرگ حوزویان، ساعت 30/10 صبح در مسجد اعظم قم با سخنرانی آیت‌الله سیداحمد خاتمی برگزار خواهد شد.